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第一層:董事會
第二層:稽核室
第三層:董事長
第四層:總經理
第五層:副總經理
第六層:
第一處(運務處): 運務規劃及管理組 行控中心 票務中心 站務中心 車務中心
第二處(維修處): 維修管理及規劃組 車輛廠 電機廠 電子廠 軌土廠 數位發展中心
第三處(工安處):系統安全組 品質環保組 勞安衛生組
第四處(企劃處): 綜合規劃組 績效管理組 開發事業組
第五處(總務處): 行政事務組 供應中心
第六處(人力資源處): 人力發展組 人事管理組
第七處(財務處): 財務管理組 財產管理組
第八處(會計室): 預算組 帳務成本組
第七層: 法務室 公共事務室
運務處為本公司一級單位,為提供信賴可靠與卓越服務的捷運運輸,配合路線興建架構編列而成,主要為行車控制、車務、站務及票務等規劃管理及業務執行、運務相關規章制度之研(修)訂等事項。轄下分別有運務規劃及管理組、行控中心、票務中心、站務中心及車務中心,共五個二級單位如下所示。
維修處為本公司一級單位,主要負責車輛、機具、軌道、機電設施等之維修業務、維修技術之發展、小型新增及改善工程規劃、維修相關規章制度之研(修)訂等事項。全線設施設備、各車站與機廠之維護保養及人員作業之規劃與執行;制定與督導軌道營運之安全及緊急通報。轄下分別有維修管理及規劃組、車輛廠、電機廠、電子廠、軌土廠及數位發展中心,共六個二級單位如下所示。
為本公司一級單位,負責勞工安全衛生及營運之規劃督導、公司品質管理、品質稽查、環境保護及環評承諾之工作執行、災害防救、系統安全與緊急應變等相關業務推動與督導等相關事項。轄下分別有系統安全組、品質環保組及勞安衛生組,共三個二級單位。
企劃處為本公司一級單位,負責公司經營策略之研擬、綜合規劃及績效管理、開發事業規劃與執行、捷運沿線周邊土地開發規劃、制定招商策略等相關事項。其設置綜合規劃組、績效管理組及開發事業組,共三個二級單位如下所示。
總務處為本公司一級單位,負責掌理庶務、文書、營繕、採購案件審查、發包管理、物料倉儲管理。轄下分別有行政事務組及供應中心,共兩個二級單位。
人力資源處為本公司一級單位,負責規劃公司組織發展、人事管理及制度研(修)訂、員工職涯發展規劃及訓練、員工關懷、勞資關係等事項,轄下設置人力發展組及人事管理組,共兩個二級單位。
財務處為本公司一級單位,負責公司財務規劃、現金收支、有價證券及保管品之管理、資金運用、財產管理、捷運系統重置經費規劃、保險規劃、股票發行及管理、其他財務業務相關事項,轄下設置財務管理組及財產管理組,共兩個二級單位。
會計室為本公司一級單位。負責預(決)算編制與執行控管、會計帳務處理、內部審核之執行、成本管理及成本分析、營業稅及營利事業所得稅編制及申報、會計相關制度之研(修)訂、其他會計及統計相關事項,轄下設置預算組及帳務成本組,共兩個二級單位。
法務室為本公司二級單位,主要業務為契約、本公司規章與法律文件之會核、訴訟事件非訟事件協辦、辦理法律專業知識之課程、協助處理智慧財產法保護及授權使用相關事宜、個人資料保護法之引進及諮詢。
公共事務室為本公司二級單位,負責掌理中央及地方各級府會及媒體連繫、對外關係維繫、行銷策略擬定、客服中心營運等。
稽核室為本公司一級單位,其組織隸屬於董事會,進行定期與不定期之業務稽核、財務稽核等工作,以確實評估內部控制制度遵行之健全性、合理性及有效性。